"La bioinformática ayudará a personalizar las medicinas"

Los fármacos individualizados están cada día más cerca. Las ciencias biológicas y la informática trabajan juntas para conseguirlo. Ante la importancia que está cobrando la bioinformática en el descubrimiento de los mecanismos de las enfermedades y en el desarrollo de fármacos adecuados para combatirlas, IBM está potenciando su división Ciencias de la Vida, que dirige Carol Kovac.

La industria de los soportes lógicos e informáticos para las ciencias biológicas puede superar los 30.000 millones de dólares en el año 2006. Crece a un ritmo anual del 20%.

Kovac ha visitado en Barcelona el CEPBA-IBM, uno de los ocho centros avanzados de la multinacional. Busca capital riesgo; "que nos ayude a construir la tecnología adecuada", señala. Un ejemplo de esta tecnología es deCODE Genetics, una compañía que dispone de un conjunto de herramientas para analizar los datos genéticos de la población islandesa. "IBM también desarrolla estas herramientas, pero deCODE está aumentando el número de herramientas que funcionan en la infraestructura de IBM, por ejemplo, en bases de datos DB2 y en Intelligent Miner".

Desarrollar un fármaco y que salga al mercado cuesta 800 millones de dólares y 15 años. ¿Cómo reducir ese tiempo? "La única forma de hacerlo es crear potentes herramientas informáticas capaces de integrar el acceso y la prospección a datos masivos".

El constante aumento de datos generados por experimentos, ensayos de fármacos y otras fuentes, como los historiales médicos y los tests de laboratorio, exige más potencia informática y más eficacia en la administración de los datos.

Los médicos prescriben un medicamento basándose en las estadísticas de los ensayos clínicos. "El problema es que funcionan bien sólo para una parte de la población", admite. Kovac cree que ya ha comenzado la carrera hacia la personalización de las medicinas, gracias a la genómica y a la gestión intensiva de los múltiples tipos de datos de los pacientes.

"La promesa de la tecnología genómica para la medicina es la personalización de fármacos. Cada invidividuo tiene unos genes que gobiernan el comportamiento del cuerpo en el tiempo y ven si es sensible a una enfermedad o no y el tratamiento adecuado".

De 2 a 1.000 empleados

"Esencialmente", continúa, "la informática basada en la medicina es un reto de gestión de la información. deCODE Genetics está identificando variaciones genéticas y enlazándolas con una base de datos para encontrar tratamientos eficaces".

IBM no es novata en informática para la biología. "Vimos que es una de nuestras áreas en las que el crecimiento es más rápido". En tres años, la división de Ciencias de la Vida ha pasado de dos empleados a un millar y ha invertido 200 millones de dólares en el desarrollo de soluciones para el sector de las biociencias (empresas farmacéuticas, hospitales y entidades que investigan las ciencias biológicas y el genoma humano en particular).

Durante este tiempo ha construido grandes infraestructuras en computación de altas prestaciones: el mayor superordenador dedicado a estudiar las reacciones de las proteínas, en Canadá; la nueva infraestructura de Celera Genomics que estudia el genoma humano y nuevas iniciativas para el descubrimiento de nuevos fármacos; en Japón, el cluster de Linux (grupo de ordenadores independientes que se conectan entre sí) más grande del mundo, con 12 teraflops (un billón de operaciones por segundo): estudia células biológicas. También construye el superordenador Blue Gene de un petaflop (1.000 billones de operaciones por segundo), que será el más rápido del planeta. Misión compleja: estudiar las proteínas.

"Uno de los retos más importantes no es cuánto más grande puedes construir el cluster o si tienes suficiente potencia informática, sino que, por ejemplo, un director de investigación de un laboratorio farmacéutico deberá poner muchas piezas de información juntas (datos genéticos, toxicológicos, modelado de moléculas, etcétera)".

Investigación española

El CEPBA-IBM de Barcelona trabaja tanto en software que tanto ayuda a diseñar el superordenador Blue Gene como colabora con investigadores españoles. Entre estos últimos, el Centro Nacional de Información Oncológica y el Parque Científico de Barcelona (PIB).

Modesto Orozco, investigador del grupo de reconocimiento nuclear de la Universidad de Barcelona, utiliza los recursos de supercomputación de varios centros para los cálculos de simulación del comportamiento de proteínas y ácidos nucleicos en condiciones extremas, el desarrollo y plegamiento de proteínas, la interacción de proteínas en fármacos y las proteínas intrínsecamente inestables. Para una sola unidad de computación el volumen de cálculo representaría un año seguido.

Orozco destaca su contribución al diseño de fármacos que saldrán al mercado (antiinflamatorios, contra el Alzheimer) y la predicción de nuevas formas de DNA. Ahora espera usar el centro de IBM para mejorar el software.